A un trabajador que gane salario fijo y además comisiones, ¿se le paga las vacaciones y el doble sueldo calculando las comisiones también?

Por supuesto. Se le suman las comisiones al salario fijo, puesto que  la comisión es una modalidad de pago de salario, por lo tanto todos los cálculos de los derechos de los trabajadores se hacen incluyendo el salario devengado por comisiones.